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菏泽高新区前身是菏泽牡丹工业园区，于2001年底开始规划建设，2006年3月被省政府批准为省级经济技术开发区，2008年1月被省政府列为省级高新技术产业开发区，此后相继被批准为第一批省级生物高技术产业基地，省级可持续发展实验区，山东省知识产权园区，山东省优质中成药及抗生素药品生产基地，山东省创新药物（菏泽）孵化基地，省级战略性新兴产业（生物医药）示范基地，山东省新型工业化（生物医药产业）示范基地和国家第一批10个知识产权集群化管理试点区之一。

简称菏泽高新区，位于菏泽市区西部，辖万福街道、吕陵镇、马岭岗镇。