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立足北海、服务北部湾、面向东盟，沿产业链条集聚产业，聚集国内海洋科研机构及人才，突出北海本地特色，以现代科技改造提升传统海（水）产业，打造辐射北部湾地区及东盟国家的科技服务平台，建设泛北部湾地区海（水）产种业中心、海（水）产品精深加工基地及（海）水产品信息物流中心，培育和发展包括海洋生物制药、海洋信息工程等海洋高新技术产业，最终将园区建设成为北部湾蓝色经济硅谷。

园区建设分为核心区、示范区、辐射区三个功能分区核心区按“一区三园”模式建设，分为海洋科研创新园、海洋加工物流园以及海洋科普观光园；海洋科研创新园位于北海市银海区竹林盐场，海洋加工物流园设A园、B园，分别设在北海市银海区蓝色产业集中区、铁山港区中国-东盟北部湾北海现代渔港经济区，海洋科普观光园建设于银海区大冠沙金海湾红树林生态旅游区；示范区分布在北海合浦县、铁山港区、银海区沿海岸线集中连片、以对虾、青蟹、方格星虫、珍珠、文蛤牡蛎、大蚝、大弹涂鱼、大獭蛤（象鼻螺）、栉江珧等名优品种代表的海洋水产养殖带；辐射区覆盖广西北部湾沿海及广东雷州半岛西岸沿海。