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北海综合保税区前身为北海出口加工区。2018年2月，国务院批复同意广西北海出口加工区整合优化为北海综合保税区。2019年1月9日，海关总署印发《关于同意北海综合保税区验收结果的批复》，这标志着北海综合保税区通过海关总署验收，并正式开关运作。北海综合保税区具备保税加工、保税物流、保税服务的功能优势和“先行先试”的政策优势，同时具备“保税加工、保税物流、口岸”三大功能和“产品研发、加工制造、商品展示、售后维修服务、仓储物流和分销配送、国际中转与对外贸易”八项业务功能；同时享有北海国家高新技术产品全球入境维修/再制造示范区、广西CEPA先行先试示范基地、海关特殊监管区域企业增值税一般纳税人资格试点等叠加的优惠政策和国家西部大开发优惠政策、民族区域自治优惠政策、广西北部湾经济区开放开发优惠政策、广西优惠政策、北海市优惠政策等多重优惠政策，政策优势明显。 未来，北海综合保税区将发挥禀赋资源，依托毗邻港口，坐拥高铁、高速、机场等立体交通的优势，加强陆港空联动，加大改革创新力度，坚持高标准招商、高水平管理、高效率运营，推动产业转型升级，培育外贸新业态、新模式，创造更具吸引力的投资环境，充分发挥出口加工、转口贸易、保税仓储等功能，大力发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工、检测维修等业务，努力把北海综合保税区打造成为北海扩大对外开放的重要窗口、承接产业转移的新战场、贸易和投资自由化便利化的先行区、开放型经济转型升级的示范区；同时，以创新驱动新发展，推动北海综合保税区发展成为具有全球影响力和竞争力的加工制造中心、研发设计中心、物流分拔中心、检测维修中心、销售服务中心等“五大中心”，大力培育新动能，形成新的经济增长点。

北海综合保税区规划面积为2.28平方公里，共分为两个区块。A区规划面积为1.14平方公里，位于北海市区西侧，紧靠北海港，距离北海站5公里，距离高速公路入口17公里，距离北海机场约20公里； B区规划面积1.14平方公里，位于北海市铁山港区，距铁山港仅3公里，紧靠玉铁高速公路，距福成机场30公里。