2016年，井冈山经开区在全国131家国家级开发区中，科技创新指标排名第36位，列中部地区第10位。合力泰、天人生态、御美丽等企业专利申请过百件，获得省知识产权局表彰。井冈山经开区专利授权682件，其中发明专利17件，比开发区成立以来发明专利的总和16件还多，2016年井冈山经开区专利申请量、授权量增幅领跑全省、全市所有园区，挺进千件专利园区行列，成为省级知识产权示范试点园区，还被授予省级“智能制造基地”称号。
2016年井冈山经开区科技创新显著提升，可以用“四个创新”来描绘：主体创新，产业创新，平台和载体创新，服务创新。企业是创新的主体，政府是创新的推动者。该区引导培育高新技术企业，积极培育“双创”主体，拓宽“双创”空间，鼓励企业专利申请和新产品、重点新产品的鉴定，着力增强企业协同创新能力，落实政策性服务，为企业的自主创新铺平道路。全区高新技术企业达到38家，占全市高企的32%，高新技术产业增加值达60亿元，占规模工业增加值比重45%以上，远远高于全省平均水平。
据统计，全区累计专利申请量达1923件，获得专利授权849件,其中万人发明拥有量达8.25件。特别是2016年，全区专利申请达770件，授权达682件，其中发明专利申请114件，授权17件。全区共有名牌产品25件，新产品、重点新产品共计76件。企业通过“借船出海”“借梯登高”，借助外力开展创新，以项目为纽带，推动企业与高校、科研院所，组建产业技术创新联盟，开展协同创新，做到企业出题、联合解题。
木林森公司与中山大学协同创新共建发光二极管芯片技术研究中心，开发出拥有自主知识产权的LED芯片技术，促进LED产业的发展，实现了企业的裂变增长。 井冈山经开区还聚焦电子信息、大健康、装备制造三大主导产业建设各类平台，新增北极光照明、威科油脂2个省级企业技术中心，新琪安、红板2个省级工程研究中心，优特利、蓝微电子2个省级工程技术研究中心，北极光、益佰年、威科和绿洲4个市级工程技术研究中心。截至目前，全区共有省级企业技术中心41个，博士后工作站2个(普正药业、天人生态)、院士工作站2个。合力泰、江西平波电子荣获离散智能制造试点示范项目企业，江西省木林森照明有限公司荣获LED智能制造试点示范项目企业。
此外，井冈山经开区积极发挥省级大学科技园等载体，设立江西省进出口机电产品检测中心，打造国家级进出口机械电子产品安全检测实验室。充分发挥深圳南山示范园的优势，建设汇聚电商、IT信息产业、微商新媒体、创新金融、培训等功能的红米谷创新科技产业园，建设好以螃蟹王国为主的互联网+众创空间产业园。发挥本地大学科研优势，与井冈山大学合作共建省级井冈山大学科技园，目前已入驻科技型企业30家，力争成为国家级井冈山大学科技园。
