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南京高新区成立于1988年，1991年被国务院批准为国家高新区，1997年经国家科委批准，南京高新区分别设立新港高新技术工业园和江宁高新技术工业园，形成“一区两园”建设格局。2017年11月，按照“一区多园”发展思路，围绕全市4+4+1主导产业体系，推动产业空间优化布局，市委市政府出台《南京市科技园区整合设立工作方案》，将全市分散的83个科技园区整合设立为15个高新园区。

南京高新技术产业开发区位于南京市浦口区，属于江北新区直管区，是中国首批也是江苏首家国家级高新区。