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1992年经国务院批准设立，国批面积5平方公里，实际管辖面积调整至14.7平方公里。2013年批复成立绥芬河边境经济合作区管理委员会，2015年确定绥芬河市边境经济合作区管理委员会为省政府派出机构。2019年9月经省编委批准，设立中国（黑龙江）自贸试验区绥芬河片区管理委员会，加挂绥芬河边境经济合作区管理委员会牌子。边合区总体规划为“三园一基地”，即“中俄现代物流产业园”“龙江进出口加工园”“中俄电子商务产业园”和“国家木材储备加工交易示范基地”。

绥芬河市设立边境经济合作区意在利用境内外两种资源、两个市场，发展有比较优势和竞争优势的特色经济,提升沿边开放水平、增进与周边国家合作交流、打造边疆经济增长点、促进边境地区民族团结与社会稳定。经过几十年的发展，作为经济新载体的绥芬河边境经济合作区为绥芬河的经济发展作出了巨大贡献，同时起到了“富民、兴边、强国、睦邻”的积极作用。