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牡丹江开发区创建于1992年，时名裕民经济开发区，是商务部备案的省级开发区，规划面积6.91平方公里。重点发展煤化工、生物医药、装备制造等产业。2006年1月，为实现优势互补、资源整合，将原裕民经济开发区与江南新城区整合成立牡丹江经济开发区。同年，8月获批省级高新区，加挂牡丹江高新技术开发区牌子。2008年，被列为全省八大经济区之一。2013年3月，晋升为国家级开发区。先后获批国家循环化改造示范试点园区、国家产城融合示范区、国家级众创空间及国家级孵化器，并对镇、村、社区、学校等进行托管。2019年1月，按照牡丹江市委、市政府决策部署实施了去社会化，结束了对镇、村、社区、学校的托管，完成了向专业化园区管理机构的转变。2021年，启动了晋级高新区工作、保税区晋升综保区和化工园区省级认定工作，开展了体制机制改革工作，现已施行全员聘任制改革，下辖经开发展集团、牡丹江新区城市投资有限公司、牡丹江龙盛投资有限公司，初步建立了“管委会+公司”的新运转架构。在2020年全国国家级开发区综合排名中位列第174名。牡丹江开发区总规划面积60.81平方公里，2020年开始整体规划，预计到2030年将基本建成。重点发展“3+1”产业体系，即：新材料、生物医药、绿色食品和数字经济）。空间布局为“一区三园”，“一区”即核心区，主括江南新城区、桦林工业园及大学科技园在内的40.37平方公里，“三园”即大庆路工业园、磨刀石工业园、下城子工业园三大分园，规划面积为13.68平方公里。

江南新城区总面积33平方公里。按照“一江居中，两岸同兴”的发展模式，不断加快构建各类生产、生活配套服务设施，健全文化教育、医疗服务、社会福利等体系，是行政、文化、教育、卫生等配套功能齐备的产城融合区。已建成百威啤酒、低温等离子、五洲国际商贸博览城、蒙牛乳业乳制品生产基地等为代表的各类项目。尤其是牡丹江烟厂项目，该项目是新冠疫情期间全省第一个复工的省级百大项目；在建项目以中农批冷链（牡丹江）东北亚国际物流产业园、数字产业园、商旅文小镇等为代表。2016年，在江南新城西南侧谋划启动了综保区及产业加工区，B型保税物流中心项目卡口内于2019年通过验收并投入运营。桦林园区：位于桦林镇东部，总面积7平方公里，主导产业为精细化工、生物医药等。