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昌吉国家高新技术产业开发区于2000年6月被新疆维吾尔自治区人民政府批准为省级高新区，2010年9月经国务院常务会议研究，批准为国家级高新区。全区远景规划面积126平方公里。 2018年11月，国务院同意昌吉高新技术产业开发区建设国家自主创新示范区。先进装备制造及服务业、新能源新材料、生物科技三大主导产业迅速呈现集聚发展态势，成为昌吉市乃至昌吉州行业发展的中流砥柱，昌吉国家高新区已成为昌吉州实施跨越发展战略的主阵地、对外开放的大窗口、高新技术产业兴起的新舞台。

昌吉国家高新区地处全国14个重点开发区和西部地区重点培育的重要能源战略基地——天山北坡经济带的核心区域，距乌鲁木齐市中心50公里，乌鲁木齐国际机场36公里。第二座亚欧大陆桥、312国道、216国道、吐乌大高等级公路、乌奎高速公路穿境而过。乌鲁木齐和玛纳斯两大电网、移动通讯网络和广播电视通信网络覆盖全区。境内有亚中商城国家二类通商口岸，是连接天山南北、沟通新疆与内地的重要交通枢纽，是西出中亚、欧洲的桥头堡和黄金通道。